如何安装R包

如何安装R并且下载安装R包。

R安装

首先安装R环境，上官网选择适当的版本

Rtools

Rtools的下载安装，为了方便之后下载R包

1. 下载
2. 安装，记得选择 默认路径 + 勾选设置环境变量 Add rtools to system PATH
3. 在R中输入 writeLines('PATH="C:\\rtools40\\usr\\bin;${PATH}"', con = "~/.Renviron")
4. 重启测试是否成功 在R中输入 Sys.which(“make”) 若出现 ## "C:\\rtools40\\usr\\bin\\make.exe" 则表示配置成功
5. Rstudio

Rstudio

Rstudio的下载安装，Rstudio是个IDE，代码编写的集成环境

R包的下载安装

有两种方式：

1. 尝试用install.packages下载安装R包，eg：

   install.packages("jsonlite", type = "source")

2. 利用Bioconductor安装，首先需要安装Bioconductor包，

   if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
     install.packages("BiocManager")

   再用BiocManager::install函数安装其他所需包，如：

   BiocManager::install("DESeq2")

参考链接

Windows下使用Rtools编译R语言包