介绍国内如何利用aspera和enaDataGet/enaGroupGet从EMBL－EBI的ENA数据库下载高速下载SRA。

软件

Aspera
High-performace transfer brower plugin，IBM旗下的高速下载插件。

# 下载
wget wget https://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.9.9/ibm-aspera-connect-3.9.9.177872-linux-g2.12-64.tar.gz 
# 解压
tar -zxvf ibm-aspera-connect-3.9.9.177872-linux-g2.12-64.tar.gz
# 安装 软件安装路径是用户根目录的 .aspera/
./ibm-aspera-connect-3.9.9.177872-linux-g2.12-64.sh

enaBrowserTools
enaDataGet/enaGroupGet是enaBrowserTools的一个python脚本，enaBrowserTools是基于python3的与ENA web services接口的套件，可以方便访问ENA。安装方式简单，直接上github下载源代码，然后解压即可。
enaDataGet: all data for a given sequence, assembly, read or analysis accession or WGS set.
enaGroupGet: all data for a particular group(sequence, WGS, assembly, read or analysis) for a given sample or study accession.

配置

配置aspera：

# 配置许可(这一步需要账户有root权限，普通用户无法设置，也可以不需要设置)
sudo cp ~/.aspera/connect/etc/aspera-license /usr/local/bin/
# 添加环境变量
echo 'export PATH=~/.aspera/connect/bin:$PATH' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc 
#  配置秘钥
mkdir /home/zouhua/.aspera/config/ 
# 复制到配置目录
cp ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh /home/zouhua/.aspera/config/

配置enaDataGet
如果使用Aspera下载数据，则需要配置aspera_settings.ini文件

1 2	# step1 配置aspera_settings.ini cd /disk/share/toolkits/enaBrowserTools-1.6 & vi aspera_settings.ini

配置前

[aspera]
ASPERA_BIN = /path/to/ascp
ASPERA_PRIVATE_KEY = /path/to/aspera_dsa.openssh
ASPERA_OPTIONS =
ASPERA_SPEED = 100M

配置后: 1. 指定ascp脚本；2.指定密钥；3.设置下载速度

[aspera]
ASPERA_BIN = /home/zouhua/.aspera/connect/bin/ascp
ASPERA_PRIVATE_KEY = /home/zouhua/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh
ASPERA_OPTIONS =
ASPERA_SPEED = 100M

1 2	# step2 配置aspera export ENA_ASPERA_INIFILE="enaBrowserTools-1.6/aspera_settings.ini"

enaDataGet：重要参数 1. -f 指定数据类型；2. -d 指定本地下载目录；3. -a 指定是否使用aspera

使用

enaDataGet和enaGroupGet可配置aspera使用，参数为-a/—aspera，添加此参数则调用aspera。

step1 先搜索accession在EBI的api接口；
step2 本地创建下载日志文件目录 logs；

step3 使用ascp软件下载accession；

1 2	enaBrowserTools-1.6/python3/enaDataGet -f sra -a SRR212430 -d ./sra # enaBrowserTools-1.6/python3/enaDataGet -f sra SRR212430 -d ./sra

下载失败: 出现session stop即为失败

完全下载失败
部分下载失败

不使用aspera下载

引用

zouhua - 如何在国内高速下载SRA

参考文章如引起任何侵权问题，可以与我联系，谢谢。

滴水穿石

如何高速下载SRA

软件

配置

使用

引用